Под горою возле Москвы-реки расположилась церковь Иоанна Воина, разливы реки ее постоянно подтапливали. Вся местность долго топилась, пока в 1786 году не построили водоотвод. Впервые церковь была упомянута в 1625 году. По приказу царя Ивана Грозного в то время, там проживали воины - стрельцы, покровителем которых был Иоанн Воин, в честь которого был назван храм.
Строительство каменного храма было плодом усилий воинов. Церковь была отстроена в 1671 году. Вскоре произошло стрелецкое восстание. Выжившие воины, забирая свои семьи, вынуждены были покинуть Москву и храм остался пустовать. Ко всему прочему в 1708 году наводнение полностью его затопило. По словам очевидцев того времени, то потом был очень масштабный, затопило и церковь и мосты.
Существует легенда, что в1731 г. как то мимо затопленного храма по Якиманке проезжал царь Петр I. Увидев, как народ плывет на лодках к церкви, он поинтересовался в честь кого этот храм. Ему ответили, что в честь Иоанна Воина. Услышав это, царь повелел священнику отстроить храм на возвышении. Он выделил материал и средства для постройки. До наших времен сохранилась книга о вкладах, в которой есть строка, что великий царь передал батюшке Алексию Федорову 300 рублей во имя и в честь Божия дела.
У церкви так же появилось свое кладбище в 1712 г. Церковное кладбище включало в себя территории пустыря и брошенных воинами дворов. Московский губернатор Михаил Ромодановский снял все налог с этих земель, церковь платила только за ремонт дорог близ находящихся территорий. Спустя время новый губернатор все-таки наложил налоги на землю. Так со временем у храма появились долги перед государством.
Петр Великий на освящение церкви прислал много даров, среди которых были золотые сосуды, гирю на массивной цепи и картину. Гирю повесили над входом, чтобы люди помнили о соблюдении порядков во время служб. Картина была размером почти 1,5 метра, на картине было написано: "Аптека, врачующая грехи". Можно смело предположить, что "Аптека" это - храм.
Приказ, деньги и материал царя Петра Великого подтолкнули всех на строительство. Ведь для застройки церкви, земля была куплена очень давно, еще в 1702 году.
Главным и любимым архитектором царя был Иван Петрович Зарудный. Он и выступил с главным проектом, по которому и сделали постройку. Вскоре в 1711 году, церковь была освящена и стала проводить службы.
Священник Алексей Федорович выкупил за 5 рублей у одной из местных женщин Агафьи Потаповны Чертихиной ее землю, для постройки на ней богадельни. Ее дом был расположен рядом с церковью. Это подтверждает документ, найденный в канцелярии 1721 года. Поэтому можно считать, что у храма два основателя.
В 1752 году по прошениям людей, Митрополит Рязанский и Муромский Стефан (Яворский), который и освящал церковь, вновь прибыл для того чтобы освятить новый престол в честь одного святого. Этот год для Руси был очень памятным и важным. Были обретены и канонизированы нетленные мощи святителя Дмитрия Ростовского. После этого события храм уже был трехпрестольным.
Во время войны с Наполеоном в 1812 году французы, польстившись на золото и драгоценности, разграбили храм. Они выламывали двери и окна, разбивали полы в надежде наживы. Бесцеремонно вводили коней в церковь. Но клад они так и не нашли. Храм был под защитой Бога, во время пожара, огонь дошел только до забора и остановился.
Но мир восстанавливался. Заново были освящены все престолы. Храм всего несколько дней из всей своей истории не служил службы, во время разграбления.
К 1840 году церковь благодаря пожертвованиям людей изнутри опять сияла богатым убранством и была полностью оборудована.
Во времена коммунизма храму было очень тяжело. За верность и преданности христианству был убит настоятель церкви и Благочинный Замоскворечья отец Христофор. Его приняли к лику святых за его непоколебимую веру в 90 - х годах, и по сей день люди молятся ему о верности и преданности Богу.
По всем христианским традициям и обычаям в храме всегда проводились службы и литургии.
В 1922 году по приказу властей из него было конфисковано все имущество и ценности. Но из-за закрытия большинства московских церквей этот храм выступил складом и хранителем всех святынь.
В церкви были такие образы как Всемилостивого Спаса Смоленского и Николая Чудотворца. Икона праведных Анны и Иокима и образ Василия Блаженного. В церковь даже перевезли мощи святой великомученицы Варвары из ее храма. После того как разрушили и снесли храм Трех Святителей, в церковь Иоанна Воина был передан резной иконостас. Этот прекрасный, позолоченный иконостас по сей день находится там.
В остальные годы изменений в храме не было. Только в 1746 - 1758 гг. церковный забор был подвинут из-за изменения расширения улицы.