В первой половине 15 века Москву трудно было считать большим городом, ведь на тогдашней её территории не находилось ни одного храма из камня. Русским митрополитом на тот момент являлся святитель Пётр. Он любил уединяться в молитве, поэтому попросил разрешения возвести поблизости Кремля монастырь. На одном из возвышенных берегов реки Неглинной неподалеку от поселка Высокое было обнаружено место, которое очень пришлось по душе святителю. Там он и основал маленькую обитель с церковью во имя священных апостолов Петра, который являлся небесным покровителем святителя, и Павла. Проводив свои дни в молитвах, в стенах устроенной им обители святитель принял решение переселиться в Москву, и не только чтобы дожить там остаток своих дней, но и чтобы быть погребенным в новом каменном Успенском соборе. Каждая ниточка церковной и государственной жизни тянулась к сим святым мощам в Москве. Сугубая благодать Божия, которая нашла свой почин на святителе и местности, где он был захоронен, притягивала к себе всю православную часть Руси. Москве уготовлено судьбой было обрести статус центра и объединителя всех земель Русских.
До текущего времени святейшие мощи главный святителя Москвы Петра-чудотворца находят свой почин в жертвеннике Успенского собора. Часть же его мощей всегда располагалась в учрежденной им обители в качестве величайшей святыни в особенном ковчеге на иконе святителя. После возрождения монашеского уклада жизни Патриарх Кирилл благословил мощи на почин в новосозданном образе, которые паломники и прихожане, наведывающиеся в храм, чтут и любят.
Доля Высоко-Петровского храма всегда была неделима с непростой, но такой героической судьбой величественного первопрестольного города. Так же, как и великой Москве, храму довелось страдать от пожаров и набегов, однако его стены раз за разом возрождались силами и Великих князей, и обычных людей.
После того, как в 1382 году хан Тохтамыш совершил разорительный набег на русские войска, деревянные постройки храма были реконструированы указом тогдашнего князя Московского Димитрия Донского. Герой Битвы на Куликовом поле великий московский князь Димитрий указал возвести деревянный храм у северного предела монастыря во имя Боголюбской иконы Божией Матери, к которой с почтением относились все московские князья. Первичный Боголюбский храм Высоко-Петровского монастыря не уцелел. Существует версия, что он серьёзно пострадал при одном из неисчислимых пожаров в Москве.
Во времена Смуты монастырь участвовал в оборонительных процессах против польско-литовских завоевателей. На протяжении 1611 года польские завоеватели свирепствовали в Москве, оскверняя и разрушая церкви и храмы. Сам же город был подожжен сразу в нескольких точках.
Монастырь получил статус «Государева богомолья», как его величали в народе, благодаря особой близости храма к двору царского дворца. Во второй половине 17- первой четверти 18 столетий храм огородили крепкой стеной из камня, поверхность которой изнутри имела вид полуарок, что дарило ощущение поразительной легкости конструкции.
Монастырь получил статус «Государева богомолья», как его величали в народе, благодаря особой близости храма к двору царского дворца. Во второй половине 17- первой четверти 18 столетий храм огородили крепкой стеной из камня, поверхность которой изнутри имела вид полуарок, что дарило ощущение поразительной легкости конструкции.
Традиционно главным престольным праздником является день преставления святителя Петра – 21 декабря (3 января н.с.).
Главная святыня монастыря — мощи святителя Петра, митрополита Киевского, Московского и всея Руси чудотворца, частицы мощей Сергия Радонежского и Серафима Саровского, в алтаре — частица мощей Спиридона Тримифунтского, а так же частицы мощей всех Киево-Печерских святых.