До 1370 г. на территории села Черкизово красовалась старая деревянная церковь, которая к несчастью верующих пострадала во время пожара и была до последнего разрушена. После события этого от святыни не осталось практически ничего. На замену талантливыми архитекторами было спроектировано, а умелыми руками возведено каменный храм. В исторической документации датой строения церкви указано 1690 г.
В XIV столетии село Черкизово и его достопримечательности принадлежали царевичу Серкизу, знаменитейшему выходцу из Золотой Орды, которого еще называли Черкизом (от чего и пошло название селения). Сложились обстоятельства так, что проданы были земли единомышленнику царевича, звали которого Илья Азаков. Предполагается, что человек этот и воздвиг здесь Илиинскую церковь в честь наставника своего.
История сложилась так, что сносили в годы тяжелые многие церкви в Москве и в других селеньях, больших и малых. Не боялись люди греха. И не ведает никто, какая сила способствовала тому, что Илиинский храм остался целым. Наверное, сам Господь решил защитить святыню свою от всего лихого. Вот и сегодня церковь принимает в своих стенах любого, кто помолиться пришел.
Среди святынь в храме пребывает Чудотворная икона Божией Матери «Живоносный Источник» , Чудотворная икона Божией Матери «Иерусалимская», образ редкой иконографии "Исцеление святителем Алексием ханши Тайдулы", ковчег с частицами мощей преподобного Сергия Радонежского, святых Семи отроков Эфесских, великомученицы Варвары, апостола Симона Кананита, святителя Иннокентия Московского, святителя Филарета Московского, святителя Луки Симферопольского, преподобного Германа Аляскинского, преподобного Нестора Летописца, преподобного Спиридона Печерского, преподобного Кукши Печерского, праведного Ионы Одесского, святого Прохора Печерского, праведного Иоанна Кормянского, преподобного Анатолия Оптинского (младшего), преподобного Агапита, врача Печерского.