Храм был основан помыслами благоверного князя Даниила, сына великого Александра Невского, который посвятил его имени Спасителя. Это было первое иноческое пристанище в Москве, начавшее свою жизнь в XIII веке. Первое время он находился на месте современного Даниловского храма, а через несколько десятилетий был перенесён. Сын князя Даниила, святой Иоанн Калита, который получил корону правителя в 1328 году, захотел иметь возле собственного особняка иноческий храм, после чего Новоспасский монастырь перенесли на Кремлевский Боровицкий холм, возле Преображенской церкви.
Всю жизнь князь Иоанн и его семейство чинно молились в Ставропигиальном монастыре. Также сюда приезжали российские епископы, останавливающиеся в Москве по делам епархий. Начиная с 1491 года, Иоанном Третьим была заложена соборная церковь, которая была символом Преображения Господня. Через пять лет, в 1496 году её освятили по всем религиозным правилам.
В период с 1640 до 1642 года усилиями и финансами Михаила Федоровича было воздвигнуто жилое каменное здание и собор в честь Святой Богоматери. Тогда же построили большую шатровую колокольню с монастырём имени святейшего Саввы Освященного. А в последние несколько лет своего правления Михаил Федорович занимался строительством нынешней Преображенской церкви и Покровского собора.
Сложные времена пережила Новоспасская церковь во время нашествия войск Наполеона. В первые дни атаки на город святыню разрушил неприятель, а после и неожиданно вспыхнувший пожар. Как сообщают историки, французы копали ямы возле монастыря, чтобы заложить туда взрывчатку и уничтожить Ставропигиальный собор. К счастью, они не успели это сделать, и через некоторое время, с уходом вражеских войск, её отреставрировали и повторно освятили.
1913 год ознаменовался великим юбилеем. Тогда отмечалось 300-летие особняка Романовых, и в честь праздника монастыря посетил Император Николай Второй. Весной, 26 мая правитель, растрогавшийся воодушевляющим и искренним пением народного хора церкви, пожелав им удачи и мирного неба над головой. Не суждено было долго пожить мирно – в конце осени 1918 года Ставропигиальный храм закрыли, соорудив в его резиденции концентрационный лагерь строгого режима. Ранее святое место стало символом тюремного заключения и множества смертей.
В 1990 году, в день празднования Введения Богородицы, Новоспасскую церковь вернули Московской Патриархии. После этого, каждый желающий может зайти в святыню, чтобы помолиться.
В храме находится Чудотворная икона Божией Матери «Всецарица».