На протяжении 14-17 веков на данном месте был расположен поселок Елох. Словарь Владимира Даля гласит, что «Елох» или «елоха» обозначает ольху, так что, вероятно, когда-то на этом месте простирался плотный ольховый лес. Также словом «ольха» в старые времена именовали мокрый или затопленный участок.
Во второй половине 15 века Елохово представляло собой окраинный подмосковный поселок, где была расположена церковь Владимирской иконы Божией Матери. В приходе данной церкви в 1468 года был рождён прославленный московский юродивый Василий Блаженный.
Главнейшей улицей дворцовой Басманной слободы была Старая Басманная, которая направляла путь в Елохово. Тут поселялись царские пекари, а по давней, менее допустимой версии, тут содержали свои селения мастера серебряных дел.
Существует версия, что Богоявленский собор в древние времена представлял собой обычную сельскую церковку. Документально он берёт своё начало в 1687 г., а уже на протяжении 1712-1731 гг. его переустроили в камне на даяния прихожанина полковника Воронецкого и царевны Прасковьи Ивановны. Кирпич на постройку был персонально пожалован Петром I. Строительные работы велись довольно долго, поэтому освящение храма было проведено лишь в 1731 году.
В конце 18 века семейство Пушкиных стала прихожанами старинного петровского Богоявленского храма. Известен факт того, что рождение великого поэта проходило в Немецкой слободе, а окрещён он был в старом Богоявленском соборе в 1799 году. Дом, в котором родился великий поэт стал известен лишь после того, как выявили метрическую книгу Богоявленского собора в 1927 году, записи в которой и указали на этот факт. На протяжении долгого времени местом его рождения считали дом титулярного советника Скворцова, находящийся на Немецкой улице, под номером 40, где семейство Пушкиных арендовало квартиру. Дом не уцелел, однако на его месте возвели дом школы, где в этом же 1927 году была учреждена мемориальная доска. С. Романюк, современный исследователь старой московской истории, установил, что Пушкин был рождён на Малой Почтовой улице, в доме под номером 4.
Простоял Старый петровский собор до второй половины 19 века. Заказ на его переустройство знаменитый московский архитектор Е.Тюрин получил в 1830-х годах.
Процесс освящения освеженного, царственного Богоявленского собора прошел в октябре 1853 г.
Закрытие храма не проходило и после революции. В 1925 году, в празднование Сретения торжественную Литургию в нем вел Святейший Патриарх Тихон. А в феврале 1935 года, опираясь на «наказы избирателей», решением Бауманского райсовета было постановлено учредить в Богоявленском соборе один из самых больших кинотеатров города. К огромной радости данному решению не предначертано было воплотиться в жизнь. Вскоре из уничтоженной Богоявленской церкви в Дорогомилове сюда была переведена кафедра Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия Старогородского, ставшего в 1943 г. Патриархом. После смерти в 1944 году его тело было захоронено в северном Никольском пределе собора.
Как известно, после своей кончины святитель Алексий (митрополит Московский) был погребен в основанном им же кремлевском Чудове монастыре, где его святые мощи нашли свой почин до самой революции. В 1928 году они были перемещены в закрытый Архангельский собор Кремля, после того, как Чудова обитель была разрушена. А в 1947 году по желанию Патриарха Алексия I Симанского и с персонального позволения Сталина их вновь вернули Православной Церкви и переместили в Богоявленский собор в Елохове.
Более всего Богоявленский собор подвергся ущемлениям и атакам от агрессивно настроеных атеистов во время хрущевских преследований Церкви. Однажды незадолго до Вербного воскресения во время народного бдения в храм вторгся незнакомец и ударил Патриарха Алексия, который в этот момент совершал богослужение. В иной раз крестный ход, который также был возглавлен Патриархом, встретила хмельная ватага с гитарами и бесстыдными песнями, которыми они старались заглушить духовное распевание. На верующих посыпались камни, одним из которых была основательно ранена в голову женщина, которая оказалась служащей посольства Франции.
Богоявленский собор обрел статус кафедрального в 1992 году, когда в начале этого года Успенский собор Московского Кремля был признан Патриаршим.
Святыни Богоявленского собора: Чудотворная икона Божией Матери «Умиление», Казанская икона Божией Матери, Икона Божией матери «Млекопитательница»