В глубину нескольких столетий уходит история церкви Святителя Николая в Кленниках. Первые упоминания о ней датируются еще пятнадцатым веком. Легенда гласит, что эта небольшая церковь была построена в 1468 году в рекордные сроки всего лишь за один день. Возвели ее в признательность за то, что сильный пожар, бушующий в Москве, был потушен, не успев добраться до Кремля. Нарекли церковь именем Симеона Дивногорца.
С тех самых пор как на этом месте была возведена деревянная церквушка, не прекращают молитвой возносятся голоса о мире и здравии народа Божьего.
Спустя несколько столетий в 1657 году бок о бок со старой деревянной церковью была построена новая каменная. Это и объясняет перелом стены северного придела.
Бытует мнение, что своим названием «в Кленниках» церковь обязана кленовой роще, неподалеку от которой располагалось урочище, где она была возведена. Но есть исследователи, которые считают более правильным называть ее « в Блинниках», потому что кленов на то время в урочище и быть не могло, а блинами китайгородскими, славящимися пылом и жаром, там действительно торговали.
Вследствие пожара 1748 года церковь существенно изменилась: возведена колокольня, а чуть позже на втором этаже устроили главный Казанский престол.
Неоднократные реконструкции и обновления, длившиеся на протяжении трех веков, сильно исказили фасад церкви, который был восстановлен лишь в 20х годах прошлого века. Также был устроен предел Алексия, человека Божия, с образами.
На Благовещение 1932 года храм был закрыт. Настоятель храма арестован и отправлен в ссылку, а церковь вместе с колокольней были обезглавлены. После некоторых переделок здание было оснащено под складские помещения и бухгалтерию ЦК ВЛКСМ. Все богатое убранство и расписные стены церкви тщательно уничтожены. Сохранить удалось лишь росписи, размещенные высоко под потолком.
Вернуть храм Русской Православной Церкви удалось лишь в 1990 году. Начали проходить работы по восстановлению внутреннего антуража, крестов и глав. Снова из стен церкви стали возносится молитвы и богослужения.
В это время удается восстановить особый жанр культовой живописи - иконопись. При храме открываются иконописные школы. Также в это время начинает формироваться и библиотека.
Сегодня в храме находятся пределы во имя многих святых и мучеников, но в особом почете стоят две святыни: местночтимый образ Божией Матери «Феодоровская» и мощи святого праведного Алексия, пресвитера Московского.