В 1894-1897 гг. был построен главный храм на Девичьем поле в г. Москва. Эта огромная пятишатровая церковь, освящением которой и закончилось строительство Клинического городка, стала домовой для врачей, обслуживающего персонала, студентов и лечащихся.
Но церковь не стала узкоприходской, в нее приходили молиться так же жители близлежащих улиц. Удивительным был план размещения этого храма - возле акушерской больницы, в самом начале внутренней аллеи городка. Рождающихся в этой клинике новорожденных крестили зачастую именно в данном храме, символизирующем появление новой духовной и физической жизни, а в самом конце аллеи располагалась часовня св. Димитрия Прилуцкого, где обычно отпевали усопших в клиниках. Эта часовня располагалась около Патологоанатомического института, которым и заканчивалась аллея. Именно поэтому аллею прозвали «аллеей жизни» - она представляла собой весь жизненный путь от появления человека и до его смерти.
В 1902 году местный домовладелец и купец Д. Сторожев попросил о разрешении за личные средства реконструировать часовню в храм. Преподобный Дмитрий Прилуцкий всегда был его небесным покровителем, Ангелом. Но в данном случае было необходимо позволение Священного Синода, и прежде чем оно было получено, купец умер, так и не успев увидеть плод своего вдохновения.
Но мечту усопшего воплотил его племянник - уже осенью в 1903 г. Б.Н.Кожевников (архитектор) увеличил часовню до площади храма и построил с восточной части алтарь. Именно после достройки этого храма "аллея жизни" приобрела свой законченный вид - два храма ассоциировали начало и окончание жизни.
В 1913 г., в честь трехсотлетия Дома Романовых, храм был удостоен памятными медалями, а во время I мировой войны Клинический городок был оборудован в госпиталь под благословением местных священников, за что в 1916 году отец Павел Виноградов, будучи настоятелем Храма, был наделен правом ношения скуфии.
Во времена февральского декрета 1918 г. Храм св. Архистратига Михаила упразднился в простой приходской, а собственность была описана. В 1922 году - совсем изъята. В 1930 году факультет медиков отделили от МГУ и превратили в Первый Медицинский Институт, после чего храм утратил свое отношение к нему. 
В 1931 году на здание храма предъявил права рабочий клуб завода «Каучук», и, несмотря на многочисленные просьбы прихожан, храм закрыли. Приходской общине храма запретили регистрацию по причине того, что храм не имеет права находиться рядом с общественными учреждениями.
Здание храма стали применять под культпросветчитальню, затем - спортзал, аптеку, склад и под музей института. Для этого здание храма реконструировали, чтоб убрать малейшие признаки его отношения к церкви - колокольня и шатровые главы снесли, в стенах пробили отверстия под окна, была уничтожена внутренняя отделка. Но и после этого институтская администрация стала добиваться полного сноса здания, чтоб на его месте построить пищеблок.
В 1977 году даже приступили к сносу, но в ходе разборки открылась первозданная архитектура храма, и силами общественности разрушение здания было прекращено.
В начале 90-х годов оба здания храмов бывшего Клинического городка передали Русской Православной Церкви. Тогда и начались восстановительные работы. Таким вот образом в последнее десятилетие такого драматического для Русской Церкви века Господь явил свою благодать, превосходящее меру пройденных испытаний. Друг за другом храмы становились теми местами, которыми и должны были быть всегда. Они служили Богу и людям.В храме св. Архангела Михаила на Девичьем поле, уцелевшем по случайности, тоже снова вознеслась молитва, очистившая его от всякой нечистоты и скверны, вернувшая ему былую красоту и славу. Это было приурочено к столетию городка по осени 1997 г. Его наведали члены Правительства России и именно тогда Святейший Патриарх Алексий II провел малое освящение вновь зажившего жизнью храма.
Осенью 2002 года, а именно 19 сентября, произошло великое освящение храма. Это день памяти о чуде архистратига Михаила в Хонех. После завершения Литургии священник Андрей Шумилов, настоятель храма, обратился к Святейшему Патриарху с приветственным словом и презентовал панагию с изображением Господа, который возвращает заблудшую овцу. Она была ознаменованием трагической судьбы возрожденного храма. В ответ на это Святейший Патриарх подарил приходу образ Спасителя.
Храм целиком сберег домовой характер, благословляя врачей местных клиник, студентов, больных и всех желающих. Так же приобрела свой первозданный вид и «аллея жизни». Храм стал настоящей гордостью и украшением столицы. В клиниках городка в свое время работали такие известные российские ученые-медики, как Н.В. Склифосовский, И.М. Сеченов, В.П. Сербский, Ф.Н. Иноземцев, В.Ф. Снегирев, Н.В. Филатов, Ф.Ф. Эрисман и др. Медицинский факультет выпускал большинство врачей России.
В храме Божием душа христианина переполняется настоящей верой, надеждой и огромной любовью к Богу, потому что храм - место вознесения молитв и глубоких духовных переживаний.
Престолы: Главный — Михаила Архангела, приделы — вмц. Екатерины, св. блгв. кн. Александра Невского.
В храме находятся чтимые иконы: икона Архангела Михаила (мозаика); икона божьей матери «Семистрельная» (« Умягчение злых сердец»); икона Мцц. Вера, Надежда, Любовь и матерь их София; икона Свт. Спиридона, еп. Тримифунтского, чудотворца; икона Свт. Николая, архиеп. Мир Ликийских, чудотворца; икона Свт. Луки (Войно-Ясенецкий) исп., архиеп. Крымского; икона Мц. Татианы; икона Вмч. Пантелеимона Целителя; икона СОБОР СВЯТОГО АРХИСТРАТИГА МИХАИЛА И ПРОЧИХ НЕБЕСНЫХ СИЛ БЕЗПЛОТНЫХ; икона Вмц. Екатерины, Александрийской; икона Божьей Матери «Помощница в родах»; икона Божьей Матери «Неувядаемый цвет»; икона Божьей Матери «Неупиваемая чаша»; икона Божьей Матери «Скоропослушница»; икона Божьей Матери « Целительница»; икона Божьей Матери « Всецарица»; икона мч. Георгия Победоносца, икона « Спас Нерукотворный»; икона «Спаситель в Терновом Венце»; Икона Блж. Матроны Московской; икона Блгв. вел. кн. Александра Невского, в схиме Алексий, Икона святого великомученика Иоанна Нового, Сочавского.